关于"全栈NGS"员工的讨论和思考
昨天吃饭时候和实验室人闲聊，扯到一个问题，就是 有没可能一个人把NGS(RNA-seq/DNA-seq/ChIP-seq)从做实验到分析数据，再到写文章一个人全干了呢?
当时是没想太多，但是越想越觉得这个问题其实是很现实的问题，牵扯的是在一个传统生物实验室中，实验和生信两拨人怎么合作，怎么判断贡献的问题。
由于我也算是实验转生信的，对两部分的认识应该是偏颇比较少的。
简单的列一下实验和生物信息需要的技能知识如下:
实验部分
按照步骤顺序应该是：
1. 核酸提取。
- 对于RNA和DNA的测序来说，这部分实在简单不止一晒，分子生物学入门实验。当然，依然需要牢记分子生物第二常识：“Protocol几乎总是对的，但是它不会强调它在什么情况下是对的”。 这里面坑也很多，比如某些文库需要的长链DNA怎么回收比较好之类的细节，需要领域专门知识才能解决。
- ChIP-seq会麻烦一点，它要求你至少能做ChIP(染色质免疫沉淀)，并且会做像样的质控 (阳性对照阴性对照都跑好了才敢上机啊)。可以算是有一个小门槛。
2. 文库的制备
- 首先这些东西全都得按kit来，所以其实最需要的是阅读说明书的能力。
- DNA文库没有反转录, Illumina的Trueseq、Nextera用的很多，NEB、罗氏、kapa之类的也能用，大同小异。
- RNA文库可能多出一步反转录， 还有一步是mRNA的富集或者是rRNA的去除 ...